シナリオモード

シナリオ後半では、水中戦が登場する。連邦側は、水中戦を得意とするアクア・ジムをジム・コマンドをカスタマイズし、水中での機動力を上げるか、といった選択が用意されている。機体を選択するかは、プレーヤー次第ということになる。

【「工業地帯防衛任務 前編」】
ベルファスト基地に隣接する工業地帯にジオン残党が部隊を集結させている模様。 目的が武器弾薬などの物資の強奪であることは明白。工業地帯へ上陸を阻止しつつ、敵部隊を撃破せよ 【「工業地帯防衛任務 後編」】 なんとか工業地帯への敵部隊上陸を阻止したファントムスイープ隊。 一部が武器弾薬などの物資を強奪し、水中へと逃走した。命令に、無謀とは知りつつも単機で水中の戦闘へと向かうユーグであった

【カスタマイズ】
水中戦を得意とするアクア・ジムは、ジム・コマンドと比べると地上戦は不得意 機体バランスはジム・コマンド。 アクア・ジムと比べると水中戦は不得意 カスタマイズで「水中戦装備」を行なうことで、ジム・コマンドの水中での機動力がUPする。 接近戦を得意とするプレーヤーは、ジム・コマンドで戦いを挑むのもアリだ。カスタマイズが攻略の幅を広げるのとお気に入りの機体でゲームを進めていく楽しみ方も味わうことができる